電気泳動を行ったアガロースゲルからのDNAをバンドを回収する方法には、数多くあるが、ここではglass beadsにDNAが特異的に吸着されることを利用したGeneclean II (Bio 101)キットを用いる方法を概説する。
回収したDNAはサブクローニングを行ったり、各種の標識を行うプローブを作製する際に用いることができる。いずれの場合にも、回収するDNA料としては100ngから数μg程度である。なお、このキットを用いた場合、回収率は50%ととして計算するのが一般的であることから、それに必要なDNA(たとえばプラスミドDNA)料を計算し、制限酵素で切断し、電気泳動を行う必要がある。制限酵素の使い方、電気泳動の仕方に関しては、別項を参照にしていただきたい。